GATCLIQUID: GATC Biotech stellt das Röntgen des 21. Jahrhunderts für die Krebsdiagnostik vor

(Mynewsdesk) * Nicht-invasive Krebsdiagnostik zur Erkennung von klinisch relevanten Mutationen aus Blut

* Early Access Programm für den sofortigen Einsatz in der klinischen Forschung und Produktentwicklung

* GATC Biotech präsentiert Produkt auf dem diesjährigen IX. CNAPS Kongress in Berlin

Konstanz, Deutschland, 10. September 2015: GATC Biotech AG, ein führender Anbieter von Genomanalyse und molekularer Diagnostik, gab heute die Markteinführung seiner GATCLIQUID Technology SuiteTM bekannt. GATC Biotech stellt diese Woche die neuen Möglichkeiten für den standardisierten Einsatz von zirkulierenden Nukleinsäuren in der Diagnostik auf dem IX. CNAPS Kongress in Berlin vor.

„Die flüssige Biopsie, also die Krebsdiagnostik aus einer Blutprobe birgt ein erhebliches Potential für die Überwachung des Krankheitsverlaufs, zur individuellen Behandlungsbewertung und zur frühzeitigen Erkennung von Rückfällen, kurz Faktoren die das Leben von Krebspatienten deutlich verbessern, „, sagte Dr. Marcus Benz, Chief Operating Officer bei GATC Biotech. “umso mehr freuen wir uns mit GATCLIQUID ein Early Access Programm für klinische Forschungsprojekte und für gemeinsame Produktentwicklungen anbieten zu können.“

GATCLIQUID vereint Next-Generation Sequenzierung (NGS) und eigens entwickelte und optimierte GATC Verfahren zur Analyse von zirkulierenden Nukleinsäuren in Plasma oder Serum (eng. Circulating Nucleic Acids in Plasma and Serum, CNAPS). Die Technology Suite wird zur Analyse von Patientenproben verwendet, um die relevanten und klinisch verwertbaren genetischen Veränderungen zu identifizieren. Die Ergebnisse geben beispielsweise Aufschluss über die Entwicklung des Tumors und wie die Behandlung durch Variation verschiedener Parameter beeinflusst werden kann.

Bis heute hat GATC Biotech mehr als 40.000 Blut- und Plasmaproben sequenziert, den Hauptanteil dabei unter diagnostischen Standards (ISO 17025). Die frühzeitigen Erfahrungen auf dem Gebiet der nicht-invasiven Pränataldiagnostik, langjährige Weiterentwicklungen und optimierte Arbeitsabläufe für die Extraktion und Sequenzierung von zirkulierender Tumor-DNA, stehen jetzt in ihrer Gesamtheit potenziellen Partnern aus der klinischen Forschung im Rahmen der GATCLIQUID Technology Suite zur Verfügung.

„Fünf biopharmazeutisches Partnerschaften sind bereits etabliert, um die Möglichkeiten der GATCLIQUID Technology Suite für die Forschung im vollen Umfang zu nutzen“, so Dr. Benz. „Wir sind jedoch ständig auf der Suche nach weiteren Kooperationspartnern, um das volle Potenzial der blutbasierten Diagnostik gemeinsam zu realisieren.“

Interessierte Firmen und Arbeitsgruppen sind herzlich eingeladen zeitnah mit GATC Biotech in Kontakt zu treten, um gegenseitige Interessen auszutauschen und mit GATCLIQUID ihre Ideen für potenzielle Anwendungen und Projekte in der klinischen Forschung voranzutreiben.

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GATC Biotech ist Europas führender Anbieter von Sequenzierdienstleistungen und Bioinformatik. Seit mehr als zwei Jahrzehnten entwickelt das Familienunternehmen innovative und komplette Lösungen rund um DNA- und RNA-Sequenzierung, inklusive der bioinformatischen Auswertung. Die Aufträge aus Industrie und akademischer Forschung reichen dabei von einzelnen DNA-Proben bis hin zu komplexen Genomprojekten. Bis heute hat GATC Biotech über 10 Millionen Proben sequenziert, darunter zehntausende Genome von Pflanzen, Bakterien und anderen Organismen sowie hunderte von menschlichen Genomen.

Als zertifizierter Service Provider (Pacific Biosciences, Illumina), bietet GATC Biotech Sequenzierungen auf allen führenden Technologien in den unternehmenseigenen Laboren an. Das nach ISO 17025 akkreditierte Genome and Diagnostics Centre, mit Schwerpunkt auf der Next Generation Sequenzierung, befindet sich am Unternehmenshauptsitz in Konstanz. Die standardisierten Komplettlösungen der INVIEW Produktpalette decken alle Bereiche der Genomforschung ab, wie z.B. Mikrobiom- und Transkriptom-Sequenzierung oder epigenetische Forschungsansätze. Als logistische Drehscheibe bietet Köln den idealen Standort für das hauseigene Labor der Sanger Sequenzierung. Voll automatisierte Laborprozesse garantieren die Einhaltung neuester und hochmodernster Qualitätsstandards.

Weiterführende Informationen finden Sie auf der Firmenwebseite www.gatc-biotech.com.

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GATC Biotech AG

Dr. Helge Schnerr

Jakob-Stadler-Platz 7

78467 Konstanz

07531 81 60 41 54

h.schnerr@gatc-biotech.com

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GATCLIQUID: GATC Biotech stellt das Röntgen des 21. Jahrhunderts für die Krebsdiagnostik vor

Neue Wege in der Amplikon-Sequenzierung

(Mynewsdesk) * Next-Generation Sequenzierung von PCR-Fragmenten bis zu 3 kb

* Hochempfindliche Analyse mit einer Genauigkeit von bis zu 99,5%

* Abdeckung ganzer Gene einschließlich der flankierenden Regionen

* Nachweis von Co-Variationen und sich wiederholenden Sequenzen

Konstanz, 16. Juli 2015 – GATC Biotech hat heute die Markteinführung von zwei neuen Produkten zur Analyse von PCR-Fragmenten von bis zu 3 kb bekanntgegeben. INVIEW Amplicon Ultra-deep und INVIEW Amplicon Ultra-long ermöglichen Wissenschaftlern die kosteneffiziente Hochdurchsatz-Sequenzierung spezifischer Zielregionen komplexer Genome. Die gezielte Sequenzierung ausgewählter Regionen wird unter anderem zur Analyse genetischer Variationen verwendet.

„Die von Pacific Biosciences SMRT® Sequenzierung erreichten ultra-langen Leselängen, bieten uns Forschern, neue Möglichkeiten Gene umfassender, d.h. einschließlich der flankierenden Regionen, zu charakterisieren“, sagte Dr. Tobias Paprotka, Leiter Forschung & Entwicklung bei GATC Biotech. „Da mehrere SNPs durch einen einzigen Read an einem Stück abgedeckt werden, können auch Co-Varianten entdeckt und quantifiziert werden.“

Die neuartige Flexibilität in der Länge ermöglicht die unvoreingenommene Charakterisierung von benachbarten SNPs, regulatorischen Sequenzen in den nicht translatierten Regionen, sowie anderer genetisch bedingten Charakteristika , welche in der Regel nicht durch kürzere PCR-Fragmente abgedeckt werden. Spezifische Anwendungen für das neue INVIEW Amplicon Ultra-long sind beispielsweise CRISPR Genome Editing, Transposon-Insertion Sequenzierung, Human-Leukozyten-Antigen (HLA) Typisierung oder die Zuordnung von Haplotypen.

INVIEW Amplicon Ultra-deep, zur Analyse von Fragmenten bis zu 570 bp, ist bestens zur Identifizierung von seltenen Mutationen in komplexen und heterogenen Proben geeignet.

Die parallele Bearbeitung von bis zu 96 Proben erlaubt die schnelle und effiziente Lieferung der Ergebnisse. Umständlich Klonierungsschritte werden durch die Verwendung von Next?Generation Sequenzierung überflüssig. Beide Produkte sind auch entsprechend dem akkreditierten Qualtitässtandard ISO 17025 verfügbar und somit für die diagnostische Anwendung zugelassen

Wie alle INVIEW Produkte bieten beide Dienste zuverlässige Lösungen aus einer Hand mit optimierten Arbeitsabläufen für DNA-Isolierung, PCR-Amplifikation, Library-Erstellung, Amplikon-Sequenzierung und BioIT Unterstützung. Mit erhöhter Effizienz und Zuverlässigkeit eröffnen die beiden neuesten GATC Sequencing Solutions neue Wege in der gezielten Sequenzierung von PCR-Fragmenten.

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GATC Biotech ist Europas führender Anbieter von Sequenzierdienstleistungen und Bioinformatik. Seit mehr als zwei Jahrzehnten entwickelt das Familienunternehmen innovative und komplette Lösungen rund um DNA- und RNA-Sequenzierung, inklusive der bioinformatischen Auswertung. Die Aufträge aus Industrie und akademischer Forschung reichen dabei von einzelnen DNA-Proben bis hin zu komplexen Genomprojekten. Bis heute hat GATC Biotech über 10 Millionen Proben sequenziert, darunter zehntausende Genome von Pflanzen, Bakterien und anderen Organismen sowie hunderte von menschlichen Genomen. 

Als zertifizierter Service Provider (Pacific Biosciences, Illumina), bietet GATC Biotech Sequenzierungen auf allenführenden Technologien in den unternehmenseigenen Laboren an. Das nach ISO 17025 akkreditierte Genome and Diagnostic Centre, mit Schwerpunkt auf der Next Generation Sequenzierung, befindet sich am Unternehmenshauptsitz in Konstanz. Die standardisierten Komplettlösungen der INVIEW Produktpalette decken alle Bereiche der Genomforschung ab, wie z.B. Mikrobiom- und Transkriptom-Sequenzierung oder epigenetische Forschungsansätze. Als logistische Drehscheibe bietet Köln den idealen Standort für das hauseigene Labor der Sanger Sequenzierung. Voll automatisierte Laborprozesse garantieren die Einhaltung neuester und hochmodernster Qualitätsstandards. 

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Neue US-Krebsforschungsstudie mit Gen-Sequenzierungstechnologie der nächsten Generation

Thermo Fisher Scientific ausgewählt für die MATCH-Studie des National Cancer Institute. Tausende von Tumorproben sollen mithilfe einer gezielten Sequenzierung durch Ion Torrent untersucht werden

Darmstadt – (05. Juni 2015) – Bis zu 1.000 Patienten aus den gesamten Vereinigten Staaten nehmen an einer neuen und landesweiten klinischen Krebsforschungsstudie teil, bei der genetische Sequenzinformationen mithilfe der gezielten Sequenzierungstechnologie der nächsten Generation (NGS) von Thermo Fisher Scientific gewonnen werden. Die Studie des National Cancer Institute (NCI) mit dem Namen “Molecular Analysis for Therapy Choice” (NCI-MATCH) wird in Zusammenarbeit mit der Forschungsgruppe ECOG-ACRIN durchgeführt. Dies wurde am Mittwoch bei der Jahresversammlung der American Society of Clinical Oncology (ASCO) angekündigt. Die Studie erhielt den IND-Status (Investigational New Drug) der US-amerikanischen Federal Drug Administration (FDA).

Die NCI-MATCH-Studie wird an das vom NCI unterstützte National Clinical Trial Network mit mehr als 2.400 regionalen Einrichtungen im gesamten Land angeschlossen. Zur Durchführung der Studie werden insgesamt 3.000 Tumorproben im Molecular Characterization Laboratory des NCI in Frederick, Maryland, am MD Anderson Cancer Center der University of Texas in Houston, im Massachusetts General Hospital in Boston sowie an der Yale University in New Haven, Connecticut, sequenziert. Dabei wird in allen Einrichtungen ein standardisiertes NGS-Protokoll eingesetzt, das mithilfe der Oncomine-Reagenzien von Thermo Fisher und dem Ion Torrent-Sequenzierungssystem entwickelt wurde.

Dieser gezielte Sequenzierungsansatz, der sich durch die sehr geringe Probenanforderung (DNA und RNA) und kürzere Durchlaufzeiten auf der Ion Torrent-Plattform auszeichnet, ermöglicht eine genaue und zuverlässige Sequenzanalyse bei einer Vielzahl von unterschiedlichen Tumorproben, einschließlich kleiner Gewebeproben und Proben, die durch Feinnadelbiopsie gewonnen werden.

“Klinische Studien dieser Art und Größe sind auf Technologien angewiesen, die eine Vielzahl von seltenen Genveränderungen in einer einzigen Probe genau nachweisen können. Solche Proben enthalten nur geringe Mengen an DNA und werden beispielsweise aus formalinfixierten und in Paraffin eingebetteten Gewebeproben oder durch Feinnadelbiopsie gewonnen”, erklärt der Leiter der ECOG-ACRIN Forschungsgruppe, Stanley R. Hamilton, M.D., Leiter des Bereichs Pathology and Laboratory Medicine am MD Anderson. “Nach Abschluss unseres Bewertungsprozesses waren diese Herausforderungen ein entscheidendes Kriterium für die Auswahl der Plattform. Solche Probenanforderungen treten in der Präzisionsmedizin sehr häufig auf.”

Die gezielte Sequenzanalyse (Test) umfasst 143 Gene, die mithilfe der Oncomine Knowledgebase ausgewählt wurden. Diese Wissensdatenbank stellt die weltweit größte Sammlung von onkologischen Daten dar, auf die Pharmaunternehmen, Auftragsforschungsinstitute (Contract Research Organization, CRO) und translationale Forschungslabors schon seit Langem zurückgreifen. Die einzigartige Konstruktion der Plattform ermöglicht die gleichzeitige Sequenzierung einer Vielzahl von genetischen Veränderungen, einschließlich Einzelnukleotid-Varianten, kleinen Insertionen und Deletionen (Indels), Copy Number Variants sowie chromosomale Translokationen.

Anhand der Ergebnisse der Sequenzierung ordnen die Leiter der Studie den geeigneten Programmteilnehmern eine von mehreren Versuchsreihen zu. Diese Versuchsreihen basieren nicht auf der Art der Krebserkrankung der Teilnehmer, sondern vielmehr auf den genetischen Veränderungen, die von dem jeweiligen Tumor ausgelöst werden. In der Studie werden etwa 20 oder mehr unterschiedliche Medikamente von einer Vielzahl von pharmazeutischen Partnerunternehmen getestet. Im Rahmen von mehrarmigen Studien wie NCI-MATCH können die Forscher ein viel breiteres Spektrum abdecken. Dadurch ist es ihnen möglich, auch relativ seltene Tumormutationen zu berücksichtigen und die Entwicklung von neuen vielversprechenden Behandlungsverfahren voranzutreiben.

“Mit dem herkömmlichen Versuchsansatz mit einer Probe und einem Biomarker wäre eine Studie dieser Größe nicht durchführbar”, sagt Mark Stevenson, Executive Vice President und President des Geschäftsbereichs Life Sciences Solutions von Thermo Fisher. “Darüber hinaus stellt dies die erste auf nationaler Ebene durchgeführte Krebsforschungsstudie dar, die im Rahmen der Precision Medicine Initiative von US-Präsident Barack Obama durchgeführt wird. Sie besitzt das Potenzial, die Zukunft der Krebsbehandlung grundlegend zu verändern.”

Oncomine Comprehensive Assay und Ion PGM sind nur für Forschungszwecke geeignet. Nicht für die Verwendung in diagnostischen Verfahren vorgesehen.

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Thermo Fisher Scientific Inc. ist der weltweit führende Partner der Wissenschaft. Das Unternehmen verfügt über einen Jahresumsatz von 17 Milliarden US-Dollar und beschäftigt etwa 50.000 Mitarbeiter in 50 Ländern. Wir unterstützen unsere Kunden dabei, die Welt gesünder, sauberer und sicherer zu machen. Mit unseren erstklassigen Marken Thermo Scientific, Applied Biosystems, Invitrogen, Fisher Scientific und Unity Lab Services bieten wir eine einmalige Kombination aus innovativen Technologien, bequemen Einkaufskonditionen und umfassenden Supportleistungen. Weitere Informationen finden Sie unter www.thermofisher.com.

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Forscher stellen genetische Struktur des Ebola-Virus online

Die University of Cambridge, das Wellcome Trust Sanger-Institut, Public Health England, das International Medical Corps, Thermo Fisher Scientific und das Gesundheitsministerium von Sierra Leone wollen das Virus in Echtzeit verfolgen.

Carlsbad, Kalifornien, USA – (05. Juni 2015) – Im Zuge einer internationalen Initiative von mehreren Organisationen zur Eindämmung des tödlichen Ebola-Erregers in Sierra hat ein Team aus Forschern die ersten Datensätze zur genetischen Struktur des Virus online veröffentlicht. Die genetische Analyse steht der globalen Forschungsgemeinschaft ab sofort unter virological.org (http://www.virological.org)zur Verfügung. Dank der Analyse kann in Echtzeit nachverfolgt werden, wie sich der Krankheitserreger weiterentwickelt. Damit ebnet sie den Weg für Forschungsaktivitäten, mit deren Hilfe wirksamere Strategien zur Vermeidung weiterer Krankheitsfälle entwickelt werden können.

Um diese Daten zu generieren, setzt das von Wellcome Trust gefördert Team aus britischen Forschern die Halbleiter-Sequenzierungsmethode der nächsten Generation (NGS) ein. All dies findet in einem Labor statt, das von Public Health England und dem International Medical Corps zur Verfügung gestellt wird.

Nach zwei ehrenamtlichen Arbeitseinsätzen in einem diagnostischen Labor, das an ein Ebola-Behandlungszentrum angeschlossen ist und in einem der am schlimmsten betroffenen Gebiete von Sierra Leone liegt, kehrte Ian Goodfellow, Ph.D. und Leiter des Bereichs Virology an der University of Cambridge, ein drittes Mal zurück, um das Virus mithilfe einer fortschrittlichen NGS-Plattform auf molekularer Ebene zu untersuchen. Das Team, das sich auf die Abbildung der genomischen Daten konzentriert, die von Goodfellow und seinen Kollegen bereitgestellt werden leitet Paul Kellam, Ph.D., Professor am Virus Genomics-Labor des Wellcome Trust Sanger-Instituts.

“Durch die Sequenzierung des Genoms eines Virus erfahren wir sehr viel über dessen Verbreitung und Übertragung von Mensch zu Mensch. Obwohl diese Daten für Forscher von unschätzbarem Wert sind, werden sie oftmals nicht schnell genug weitergegeben”, so Kellam. “In der Vergangenheit hat es oftmals Monate gedauert, bis die Proben analysiert werden konnten, da sie zunächst noch in die Labors im Vereinigten Königreich gebracht werden mussten. Durch die Möglichkeit, die Sequenzierung direkt vor Ort durchzuführen, können wir die Daten innerhalb von Tagen oder maximal Wochen generieren. Dadurch wird sich die Erforschung des Ebola-Virus und deren Bekämpfung weltweit und grundlegend verändern.”

Mithilfe der schnellen Sequenzierung können Epidemiologen den Ursprung einzelner Stämme bestimmen. Da unterschiedliche Virusstämme auf ihrem Übertragungsweg von Mensch zu Mensch nachverfolgt werden können, sind Forscher somit nicht länger auf die Angaben der Patienten, wie und wo sie sich mit dem Virus infiziert haben, angewiesen.

Seit dem ersten gemeldeten Krankheitsfall im März 2014 fielen dem Ebola-Virus in Westafrika nahezu 11.000 Menschen zum Opfer. Daraufhin hat Thermo Fisher Scientific das neue Ion AmpliSeq Ebola-Panel für die Gensequenzierungssysteme Ion PGM und Ion Chef entwickelt. Das Gesamtsystem wurde laut Goodfellow deshalb ausgewählt, weil es auch in ungewöhnlichen Laborumgebungen mit eingeschränkter Stromversorgung und einem hohen Staubanteil in der Luft einsetzbar und entsprechend flexibel ist. Darüber hinaus ist für die Wartung der Geräte kein spezieller Servicetechniker erforderlich.

“Dies war eine hervorragende Gelegenheit, um in einer realen und akuten Situation zu zeigen, das Systeme zur Genomsequenzierung, die normalerweise nur in speziellen Laboratorien genutzt werden, auch unter extremen Bedingungen einsetzbar sind. Wir können in den betroffenen Gemeinden nur dann wirksame Maßnahmen gegen zukünftige Epidemien ergreifen, wenn wir das Ebola-Virus und die anderen Krankheitserreger verstehen, die so viel Leid in Ländern wie Sierra Leone hervorrufen”, so Goodfellow. “Ich hoffe, dass diese Technologie auch von der nächsten Generation an Forschern in Sierra Leone eingesetzt wird und dies den Weg für nachhaltige Forschung und entsprechende Überwachungssysteme ebnet.”

Das Sequenzierungssystem der nächsten Generation wurde in einem Labor installiert, das an ein Ebola-Behandlungszentrum in Makeni angeschlossen ist. Dieses Labor wurde vom britischen Department for International Development gefördert und steht unter der Leitung von Public Health England. Das Ebola-Behandlungszentrum wird vom International Medical Corps betrieben.

Um für eine nachhaltige Wirkung zu sorgen, die auch über die aktuelle Krise hinausgeht, wird das Sequenzierungssystem der nächsten Generation voraussichtlich an der University of Makeni installiert und dort von Wissenschaftlern vor Ort genutzt, um Ebola und andere in der Region vorkommende Krankheitserreger zu untersuchen.

“Mit dieser wichtigen Initiative wird das Ziel verfolgt, die Weiterentwicklung des Ebola-Virus auf molekularer Ebene zu untersuchen. Ohne das aktive Engagement und die Unterstützung aller beteiligten Organisationen wäre dies nicht möglich gewesen”, sagt Chris Linthwaithe, President Genetic Sciences bei Thermo Fisher Scientific. “Der weltweite Austausch dieser wertvollen Sequenzierungsdaten wird für Forscher von entscheidender Bedeutung sein, um dem Virus immer einen Schritt voraus zu bleiben.”

“Wir haben bei dieser Ebola-Epidemie viele schmerzhafte Erfahrungen machen müssen – nicht zuletzt auch die, dass wir als wissenschaftliche Gemeinschaft mit den von uns generierten Daten viel offener umgehen müssen”, fügt Dr. Jeremy Farrar, Direktor des Wellcome Trust, hinzu. “Mithilfe des kollektiven Fachwissens von Experten für Infektionskrankheiten aus allen Teilen der Welt können wir viel schneller etwas erreichen als in einem einzelnen Labor. Die beste Möglichkeit dieses Know-how zu nutzen besteht darin, die Datengenerierung in den betroffenen Ländern schnellstmöglich zu verbessern, anstatt die Proben in andere Länder ausfliegen zu müssen und die Daten anschließend offen und sicher zur Verfügung zu stellen. Der Wellcome Trust freut sich, diese wichtige Arbeit in Sierra Leone zu unterstützen.”

Das Ion AmpliSeq Ebola-Panel, das Ion PGM-System und Ion Chef sind nur für Forschungszwecke geeignet, nht für die Verwendung in diagnostischen Verfahren.

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Thermo Fisher Scientific Inc. ist der weltweit führende Partner der Wissenschaft. Das Unternehmen verfügt über einen Jahresumsatz von 17 Milliarden US-Dollar und beschäftigt etwa 50.000 Mitarbeiter in 50 Ländern. Wir unterstützen unsere Kunden dabei, die Welt gesünder, sauberer und sicherer zu machen. Mit unseren erstklassigen Marken Thermo Scientific, Applied Biosystems, Invitrogen, Fisher Scientific und Unity Lab Services bieten wir eine einmalige Kombination aus innovativen Technologien, bequemen Einkaufskonditionen und umfassenden Supportleistungen. Weitere Informationen finden Sie unter www.thermofisher.com.

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